public class SecondaryStructure
extends java.lang.Object
Constructor and Description |
---|
SecondaryStructure(java.lang.String primarySequence)
Costruisce una struttura secondaria con un insieme vuoto di legami
deboli.
|
SecondaryStructure(java.lang.String primarySequence,
java.util.Set<WeakBond> bonds)
Costruisce una struttura secondaria con un insieme dato di legami deboli.
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Modifier and Type | Method and Description |
---|---|
boolean |
addBond(WeakBond b)
Aggiunge un legame debole a questa struttura.
|
boolean |
equals(java.lang.Object obj) |
java.util.Set<WeakBond> |
getBonds()
Restituisce l'insieme dei legami deboli di questa struttura secondaria.
|
int |
getCardinality()
Restituisce il numero di legami deboli presenti in questa struttura.
|
java.lang.String |
getDotBracketNotation()
Restituisce una stringa contenente la rappresentazione nella notazione
dot-bracket di questa struttura secondaria.
|
java.lang.String |
getPrimarySequence()
Restituisce la sequenza di nucleotidi di questa struttura secondaria.
|
int |
hashCode() |
boolean |
isPseudoknotted()
Determina se questa struttura contiene pseudonodi.
|
java.lang.String |
toString() |
public SecondaryStructure(java.lang.String primarySequence)
primarySequence
- la sequenza di nucleotidijava.lang.IllegalArgumentException
- se la primarySequence contiene dei
codici di nucleotidi sconosciutijava.lang.NullPointerException
- se la sequenza di nucleotidi è nullapublic SecondaryStructure(java.lang.String primarySequence, java.util.Set<WeakBond> bonds)
primarySequence
- la sequenza di nucleotidibonds
- l'insieme dei legami deboli presenti nella
strutturajava.lang.IllegalArgumentException
- se la primarySequence contiene dei
codici di nucleotidi sconosciutijava.lang.NullPointerException
- se la sequenza di nucleotidi è
nullajava.lang.NullPointerException
- se l'insieme dei legami è nullojava.lang.IndexOutOfBoundsException
- se almeno uno dei due indici di uno
dei legami deboli passati esce
fuori dai limiti della sequenza
primaria di questa strutturajava.lang.IllegalArgumentException
- se almeno uno dei legami deboli
passati connette due nucleotidi a
formare una coppia non consentita.public java.lang.String getPrimarySequence()
public java.util.Set<WeakBond> getBonds()
public boolean isPseudoknotted()
public boolean addBond(WeakBond b)
b
- il legame debole da aggiungerejava.lang.NullPointerException
- se il legame passato è nullojava.lang.IndexOutOfBoundsException
- se almeno uno uno dei due indici
del legame debole passato esce
fuori dai limiti della sequenza
primaria di questa strutturajava.lang.IllegalArgumentException
- se il legame debole passato
connette due nucleotidi a formare
una coppia non consentita.public int getCardinality()
public java.lang.String getDotBracketNotation()
java.lang.IllegalStateException
- se questa struttura secondaria contiene
pseudonodipublic int hashCode()
hashCode
in class java.lang.Object
public boolean equals(java.lang.Object obj)
equals
in class java.lang.Object
public java.lang.String toString()
toString
in class java.lang.Object