public class NussinovFolder extends java.lang.Object implements FoldingAlgorithm
Constructor and Description |
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NussinovFolder(java.lang.String primarySequence)
Costruisce un solver che utilizza l'algoritmo di Nussinov.
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Modifier and Type | Method and Description |
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void |
fold()
Esegue il folding sulla sequenza.
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java.lang.String |
getName()
Restituisce il nome dell'algoritmo di folding.
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SecondaryStructure |
getOneOptimalStructure()
Restituisce una struttura secondaria ottima secondo la definizione
dell'algoritmo.
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java.lang.String |
getSequence()
Restituisce la sequenza da cui è stata calcolata la struttura secondaria.
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boolean |
isFolded()
Determina se il folding è stato eseguito.
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public NussinovFolder(java.lang.String primarySequence)
primarySequence
- la sequenza di nucleotidi di cui fare il
foldingjava.lang.IllegalArgumentException
- se la primarySequence contiene dei
codici di nucleotidi sconosciutijava.lang.NullPointerException
- se la sequenza di nucleotidi è nullapublic java.lang.String getName()
FoldingAlgorithm
getName
in interface FoldingAlgorithm
public java.lang.String getSequence()
FoldingAlgorithm
getSequence
in interface FoldingAlgorithm
public SecondaryStructure getOneOptimalStructure()
FoldingAlgorithm
getOneOptimalStructure
in interface FoldingAlgorithm
public void fold()
FoldingAlgorithm
fold
in interface FoldingAlgorithm
public boolean isFolded()
FoldingAlgorithm
isFolded
in interface FoldingAlgorithm