public class SecondaryStructure
extends java.lang.Object
| Constructor and Description |
|---|
SecondaryStructure(java.lang.String primarySequence)
Costruisce una struttura secondaria con un insieme vuoto di legami
deboli.
|
SecondaryStructure(java.lang.String primarySequence,
java.util.Set<WeakBond> bonds)
Costruisce una struttura secondaria con un insieme dato di legami deboli.
|
| Modifier and Type | Method and Description |
|---|---|
boolean |
addBond(WeakBond b)
Aggiunge un legame debole a questa struttura.
|
boolean |
equals(java.lang.Object obj) |
java.util.Set<WeakBond> |
getBonds()
Restituisce l'insieme dei legami deboli di questa struttura secondaria.
|
int |
getCardinality()
Restituisce il numero di legami deboli presenti in questa struttura.
|
java.lang.String |
getDotBracketNotation()
Restituisce una stringa contenente la rappresentazione nella notazione
dot-bracket di questa struttura secondaria.
|
java.lang.String |
getPrimarySequence()
Restituisce la sequenza di nucleotidi di questa struttura secondaria.
|
int |
hashCode() |
boolean |
isPseudoknotted()
Determina se questa struttura contiene pseudonodi.
|
java.lang.String |
toString() |
public SecondaryStructure(java.lang.String primarySequence)
primarySequence - la sequenza di nucleotidijava.lang.IllegalArgumentException - se la primarySequence contiene dei
codici di nucleotidi sconosciutijava.lang.NullPointerException - se la sequenza di nucleotidi è nullapublic SecondaryStructure(java.lang.String primarySequence,
java.util.Set<WeakBond> bonds)
primarySequence - la sequenza di nucleotidibonds - l'insieme dei legami deboli presenti nella
strutturajava.lang.IllegalArgumentException - se la primarySequence contiene dei
codici di nucleotidi sconosciutijava.lang.NullPointerException - se la sequenza di nucleotidi è
nullajava.lang.NullPointerException - se l'insieme dei legami è nullojava.lang.IndexOutOfBoundsException - se almeno uno dei due indici di uno
dei legami deboli passati esce
fuori dai limiti della sequenza
primaria di questa strutturajava.lang.IllegalArgumentException - se almeno uno dei legami deboli
passati connette due nucleotidi a
formare una coppia non consentita.public java.lang.String getPrimarySequence()
public java.util.Set<WeakBond> getBonds()
public boolean isPseudoknotted()
public boolean addBond(WeakBond b)
b - il legame debole da aggiungerejava.lang.NullPointerException - se il legame passato è nullojava.lang.IndexOutOfBoundsException - se almeno uno uno dei due indici
del legame debole passato esce
fuori dai limiti della sequenza
primaria di questa strutturajava.lang.IllegalArgumentException - se il legame debole passato
connette due nucleotidi a formare
una coppia non consentita.public int getCardinality()
public java.lang.String getDotBracketNotation()
java.lang.IllegalStateException - se questa struttura secondaria contiene
pseudonodipublic int hashCode()
hashCode in class java.lang.Objectpublic boolean equals(java.lang.Object obj)
equals in class java.lang.Objectpublic java.lang.String toString()
toString in class java.lang.Object