public class NussinovFolder extends java.lang.Object implements FoldingAlgorithm
| Constructor and Description |
|---|
NussinovFolder(java.lang.String primarySequence)
Costruisce un solver che utilizza l'algoritmo di Nussinov.
|
| Modifier and Type | Method and Description |
|---|---|
void |
fold()
Esegue il folding sulla sequenza.
|
java.lang.String |
getName()
Restituisce il nome dell'algoritmo di folding.
|
SecondaryStructure |
getOneOptimalStructure()
Restituisce una struttura secondaria ottima secondo la definizione
dell'algoritmo.
|
java.lang.String |
getSequence()
Restituisce la sequenza da cui è stata calcolata la struttura secondaria.
|
boolean |
isFolded()
Determina se il folding è stato eseguito.
|
public NussinovFolder(java.lang.String primarySequence)
primarySequence - la sequenza di nucleotidi di cui fare il
foldingjava.lang.IllegalArgumentException - se la primarySequence contiene dei
codici di nucleotidi sconosciutijava.lang.NullPointerException - se la sequenza di nucleotidi è nullapublic java.lang.String getName()
FoldingAlgorithmgetName in interface FoldingAlgorithmpublic java.lang.String getSequence()
FoldingAlgorithmgetSequence in interface FoldingAlgorithmpublic SecondaryStructure getOneOptimalStructure()
FoldingAlgorithmgetOneOptimalStructure in interface FoldingAlgorithmpublic void fold()
FoldingAlgorithmfold in interface FoldingAlgorithmpublic boolean isFolded()
FoldingAlgorithmisFolded in interface FoldingAlgorithm